Hertha BSC

Boateng chơi cho Hertha BSC Berlin từ ngày 1 tháng 7 năm 2002 khi anh mới 13 tuổi, cho tới ngày 22 tháng 8 năm 2007. Sau khi tách ra khỏi đội trẻ, anh chơi cho đội dự bị trong một mùa giải, trước khi có lần đầu tiên được gọi lên đội 1 vào ngày 13 tháng 1 năm 2007. Anh có trận ra mắt gặp Hannover 96 ở sân AWD-Arena ở vòng đấu thứ 19 của mùa giải 2006-07.[2] Anh trở thành cầu thủ quen thuộc trong đội hình 1 khi mới 18 tuổi.

Boateng được liên hệ để chuyển sang Hamburger SV vào mùa hè 2007.[3] Bởi điều này, theo như giới truyền thông Đức, Boateng không muốn ký bản hợp đồng chuyên nghiệp 5 năm cùng Hertha.

Hamburger SV

Anh chuyển tới Hamburger SV vào ngày 22 tháng 8 năm 2007 với mức giá vào khoảng 1,1 triệu euro. Boateng có 2 mùa giải thành công cùng Hamburg, nơi anh đã trở thành một vị trí quan trọng trong hàng phòng thủ ở mùa giải 2008-09, mùa giải mà Hamburg đã nằm trong cuộc chạy đua tới ngôi vô địch và vào tới bán kết cúp UEFA trong cả hai mùa giải anh ở đội bóng. Ở mùa giải 2009-10, anh được triệu tập vào đội tuyển Đức sau khi gây ấn tượng ở Hamburg.

Manchester City

Vào ngày 5 tháng 6 năm 2010, Manchester City xác nhận họ đã có được Boateng với mức phí 10,4 triệu euro theo hợp đồng 5 năm. Tại Man City, Boateng sẽ được khoác chiếc áo số 17 mà anh ưa thích.[4] Anh có trận đấu đầu tiên cho câu lạc bộ mới trong trận giao hữu trước mùa giải với Valencia. Trong trận này, anh đã có pha tạt bóng để Gareth Barry đánh đầu ghi bàn mở tỉ số. Tuy nhiên, anh phải vắng mặt từ 2-3 tuần trong giai đoạn đầu mùa giải vì chấn thương đầu gối.

Boateng có trận đấu đầu tiên cho Manchester City tại Premier League trong chiến thắng 1-0 trước Chelsea ngày 25 tháng 9 năm 2010.[5] Ba ngày sau, anh có trận đấu đầu tiên tại Europa League trong trận hòa 1-1 với Juventus.[6] Trong suốt mùa giải 2010-11, Boateng chỉ có 24 lần ra sân do thường xuyên chấn thương.

Kết thúc mùa giải 2010-11, anh cùng Manchester City giành được danh hiệu vô địch Cúp FA 2010-11.

Bayern München

2011–12

Tháng 6 năm 2011, Boateng bày tỏ ý định muốn rời Manchester City để đến thi đấu cho Bayern München vì lý do thi đấu cho Bayern sẽ giúp anh có được cơ hội ở vị trí chính thức trong đội tuyển quốc gia và được thi đấu ở vị trí ưa thích là trung vệ hay vì hậu vệ phải.[7] Ngày 15 tháng 7, vụ chuyển nhượng của anh đến Bayern München đã chính thức hoàn tất với mức phí là 13,5 triệu euro và bản hợp đồng có thời hạn đến ngày 30 tháng 6 năm 2015.[8] Ngày 27 tháng 7, anh có trận đấu đầu tiên cho Bayern tại Cúp Audi 2011 trong trận đấu với A.C. Milan. Ngày 6 tháng 8, Boateng có mặt trong đội hình xuất phát trong trận đấu mở màn của Bayern tại Bundesliga 2011-12 gặp Borussia Moenchengladbach. Tuy nhiên, anh và thủ môn tân binh Manuel Neuer đã có pha phối hợp với nhau không tốt dẫn đến bàn thắng duy nhất của trận đấu thuộc về Moenchengladbach.[9]